En la etapa de Educación Primaria, los profesores del Colegio San Juan Evangelista educan a los alumnos en un ambiente de responsabilidad, respeto, esfuerzo y alegría.
Los maestros especializan su trabajo en las características de cada uno de los alumnos, teniendo éstos una atención individualizada y un apoyo especializado.
Los tutores realizan reuniones, no sólo con los padres sino que también con los alumnos para fijarles pequeñas metas que ir alcanzando mes a mes.
El Gabinete Psicopedagógico realiza sesiones individualizadas con los alumnos para darles herramientas para formarse como personas y como alumnos.
La línea general de todas las materias se basa en la creación de proyectos en los que se invita al alumno a participar en su propio aprendizaje. Siendo para ello, un apoyo las pizarras interactivas y los ordenadores con los que cuenta cada clase.
El colegio San Juan Evangelista es el único colegio trilingüe de Torrejón de Ardoz.
Cuenta con un proyecto propio de centro en Primaria, teniendo actividades de creación propia en lengua inglesa, durante más de un tercio de la jornada. Además, desde primero de primaria a los alumnos se les introduce en la lengua alemana de una forma lúdica, práctica y divertida. Con nuestro sistema de preparación de estudiantes para los exámenes oficiales de Cambridge y del Institut Goethe acostumbramos a los alumnos a enfrentarse a situaciones reales de conversación, escritura y lectura.
